Pada tahun 1999, sebuah meteor besar jatuh ke Bumi membawa makhluk luar angkasa yang dikenal sebagai Worm di dalamnya. Makhluk-makhluk ini mengambil identitas manusia sesungguhnya dan kemudian membunuh mereka. Dalam rangka untuk melawan ancaman baru ini, ZECT dibentuk, yang pada gilirannya menciptakan Sistem Masked Rider untuk memerangi Worms. Pertempuran berlangsung selama tujuh tahun, menghabiskan sumber daya bumi dan mengubahnya menjadi gurun tandus. Pada saat ini, perebutan kekuasaan di ZECT telah menyebabkan kelompok baru, yang dikenal sebagai Neo-ZECT, yang akan dibuat oleh Hidenori Oda. Daisuke Kazama dan Hokuto Syura juga merupakan bagian dari Neo-ZECT.
Dengan tiga kelompok dalam keberadaan (Neo-ZECT, ZECT dan Worms), Souji Tendou telah memutuskan untuk menjual kekuasaannya baik Neo-ZECT atau ZECT, tetapi niatnya tidak jelas. Pada saat yang sama, ZECT telah memperoleh intelijen tentang sebuah komet besar mengorbit sekitar ruang. Dengan membangun stasiun ruang Tangga Yakub, mereka berencana untuk menangkap meteor ini dan tersebar di seluruh bumi, mengisi lautan bumi. Stasiun ruang angkasa termasuk fungsi yang bekerja sama dengan Jam Sistem Up Rider fungsi. Tendou bergabung Neo-ZECT setelah mengatakan ZECT ia berusaha membubarkan dari dalam dan memanipulasi ZECT dan Neo-ZECT terhadap satu sama lain. Setelah rencana Neo-ZECT untuk mengambil alih stasiun ruang angkasa dimulai, warna benar kedua kelompok datang untuk cahaya. Tendou hasil untuk memasukkan stasiun ruang angkasa untuk motif yang sebenarnya untuk membantu kedua belah pihak adalah untuk menggagalkan rencana rahasia ZECT itu. Sementara itu, Daisuke telah tewas di tangan Syura yang telah mengkhianati Neo-ZECT. Oda upaya untuk melawan perangkap ini, dan dia mampu membunuh Yaguruma. Mengejar Syura Namun, ia bertemu Rider legendaris ZECT itu, Kaukasus, dan dikalahkan dalam hitungan detik. Kagami juga telah memutuskan untuk menikah Hiyori dan mereka berharap untuk membangun masa depan bersama. Kagami ini kemudian dipilih untuk mengaktifkan space clock Up fungsi dan harus pergi, tapi dia berjanji Hiyori dia akan kembali.
Tendou telah tiba di Tangga Yakub pertama namun, dan ia mencoba untuk menggagalkan motif tersembunyi ZECT itu. Setelah pertempuran Ketaros, mereka berdua jatuh dari stasiun ruang angkasa karena fungsi Jam Up menarik melalui meteor lain penuh dengan Worms. Kabuto mampu bertahan berkat Kabuto Extender, namun meninggal pada Ketaros masuk kembali ke atmosfer bumi. Tendou dan Kagami menerima berita bagaimanapun, bahwa Hiyori adalah pada titik mati karena paparan debu meteor tahun lalu dan itu kemudian mengungkapkan bahwa Tendou ia saudara Hiyori itu. Memegang upacara pernikahan di rumah sakit, Hiyori mati segera setelah itu. Pada titik ini, Syura mengatakan bahwa Tendou ZECT telah mengkhianati mereka dan bersekutu dengan Worms. ZECT berencana untuk membiarkan kecelakaan meteor ke Bumi sehingga Worms akan mengalahkan kemanusiaan. Namun, tampaknya bahwa Kaukasus dan pemimpin ZECT adalah satu-satunya yang tahu rencana ini dan berusaha untuk membungkam dia untuk sengaja mendengar rencana mereka. Syura kemudian meninggal dari luka-luka yang diderita sebagai Tendou dan Kagami bawa sebagai misi mereka untuk menyelamatkan manusia dari bencana ini.
Membuat ke pesawat luar angkasa dalam waktu, mereka bertemu Kaukasus, yang menjelaskan kepada mereka bahwa meteor adalah media untuk mentransfer Worms. Rudal dalam pesawat akan digunakan untuk menghancurkan manusia lemah. Kemanusiaan akan diambil alih oleh Worms karena Kaukasus percaya ia akan melindungi dan berjuang untuk keyakinan, terkuat dan paling indah dari bunga mawar. Sebagian besar pertempuran adalah mendukung Kaukasus '; namun ketika Kaukasus mengaktifkan Daya Maksimum Rider dan mempersiapkan untuk membunuh Tendou dengan Jurus Rider, Kagami langkah-langkah di jalan dan melindungi Tendou. Tendou kemudian dapat menggunakan waktu ini untuk mencuri Zecter Hyper dari Kaukasus, memaksa dia ke ruang ejeksi dan meluncurkan dirinya ke ruang angkasa. Tendou kemudian menempatkan kembali Kagami pod melarikan diri dan mengirimkan dia dalam perjalanan kembali ke Bumi. Namun, Kaukasus, sementara di kehampaan ruang angkasa, kait pada pod melarikan diri Kagami dan pukulan lubang ke jendela, membunuh Kagami. Pada saat yang sama, Tendou menjadi Kabuto Hyper dan melalui penggunaan Hyper clock Up, ia membalikkan waktu untuk menyimpan Kagami dan menghancurkan Kaukasus dengan Jurus Rider, meniup dia bersama dengan rudal-rudal di pesawat ruang angkasa.
Tendou kemudian menggunakan Hyper clock up di Zecter Hyper untuk mengirim meteor kedua kembali dalam waktu dan memaksa untuk menabrak meteor pertama. Hasilnya adalah sebuah fragmen kecil yang hanya hit Shibuya, meminimalkan kerusakan dan menghapus masa depan di mana lautan bumi yang kering. Namun, gelombang kejut yang disebabkan oleh dua meteor menabrak hit Tendou dan mengirimkan dia terbang mundur menuju Bumi. Setelah itu, tanah Tendou di Shibuya dan menemukan dirinya dalam situasi yang sama ia dalam tujuh tahun lalu. Namun kali ini, ia memberikan sabuk kepada Tendou muda yang kemudian mampu menyelamatkan Hiyori. Dengan masa depan bencana dihapus, Tendou menghilang sebagai diri yang lebih muda tumbuh dan hidup kehidupan yang lebih baik dalam timeline baru.
